Năm học 1994-1995, trường Đại học Quy Nhơn đã liên kết với trường Đại học Kinh tế Quốc dân Hà Nội mở lớp Quản trị kinh doanh Du lịch và khách sạn tại Trường. Có thể nói việc liên kết này là “viên gạch” đầu tiên đặt nền móng cho sự phát triển của các ngành Kế toán, Kinh tế, Tài chính và Quản trị hiện đang được đào tạo tại Trường. Vào đầu những năm 2000, nhu cầu nhân lực trong các ngành này ở các tỉnh Duyên hải Nam Trung Bộ và Tây Nguyên là rất cao, cùng với đó là sự lớn mạnh của đội ngũ giảng viên khối ngành Kinh tế của Trường sau 7 năm thực hiện liên kết đào tạo đã tạo tiền đề thuận lợi cho việc ra đời của khoa Kinh tế & Quản trị kinh doanh ngày 27/03/2002 theo quyết định số 1247/QĐ-BGD&ĐT của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Ngay từ những ngày đầu thành lập, nhận thức được vai trò và sứ mệnh của đơn vị, tranh thủ sự giúp đỡ của các trường liên kết, Khoa đã nhanh chóng xây dựng chương trình đào tạo các ngành kinh tế theo hướng hiện đại, trong giảng dạy đã kết hợp hài hòa giữa lực lượng cán bộ giảng dạy của Khoa với các Thầy, Cô giáo có trình độ cao từ các trường liên kết, thực hiện tốt chức năng đào tạo có chất lượng cho sinh viên khối Kinh tế. Khoa đã có những bước đi vững chắc trong công tác đào tạo, NCKH cũng như xây dựng đội ngũ giảng viên. Vị thế của Khoa ngày càng được khẳng định và tạo được niềm tin trong người học, minh chứng cho điều này là kết quả đào tạo đạt được trong giai đoạn 2002-2009 với tổng số sinh viên chính quy tốt nghiệp là 1952, tổng số học viên hệ không chính quy tốt nghiệp là 2097.
Để tiếp tục phát huy thế mạnh đã đạt được cho sự phát triển của các ngành thuộc khối ngành Kinh tế, ngày 14/10/2009 Hiệu trưởng trường Đại học Quy Nhơn đã ra quyết định số 1231/QĐ-ĐHQN thành lập khoa Kinh tế & Kế toán và khoa Tài chính – Ngân hàng & Quản trị kinh doanh trên cơ sở tách khoa Kinh tế & Quản trị kinh doanh. Sau khi thành lập với tên gọi mới – Kinh tế & Kế toán, Khoa đã mạnh dạn mở rộng quy mô, tăng số chuyên ngành đào tạo. Đi đôi với đó là điều chỉnh mục tiêu đào tạo, biên soạn, chỉnh lý hoàn thiện giáo trình, chương trình cho phù hợp với yêu cầu đào tạo mới. Đội ngũ giảng viên của Khoa cũng có bước phát triển nhanh chóng, nếu năm 2009 chỉ có 22 người và đào tạo 2 chuyên ngành là Kinh tế đầu tư và Kế toán thì cho đến hết năm 2019, số lượng giảng viên đã tăng lên 52 người (gồm có 1 PGS, 8 Tiến sĩ, 41 Thạc sỹ, trong đó có 18 người đang làm nghiên cứu sinh) được phân bổ ở 5 bộ môn bao gồm Kế toán, Kiểm toán, Phân tích kinh tế, Kinh tế và Toán kinh tế; đảm nhiệm đào tạo bậc Đại học ngành Kinh tế (gồm các chuyên ngành Kinh tế phát triển, Kinh tế đầu tư, Quản lý kinh tế), ngành Kế toán (gồm chuyên ngành Kế toán tổng hợp, Kế toán công, Phân tích tài chính) và ngành Kiểm toán; đào tạo bậc Thạc sĩ ở chuyên ngành Kế toán tổng hợp và trong thời gian ngắn sắp tới, Khoa sẽ hướng đến đào tạo bậc Tiến sĩ ở chuyên ngành này và mở rộng đào tạo Thạc sĩ ở ngành Kinh tế. Đông thời, Khoa đang xây dựng chương trình đào tạo chất lượng cao ngành Kế toán, mở rộng các ngành đào tạo mới bao gồm Kinh tế bảo hiểm, Kinh tế xây dựng, Quản lý kinh tế.
Bên cạnh công tác đào tạo, khoa Kinh tế & Kế toán luôn chú trọng đến công tác nghiên cứu khoa học, tham gia tư vấn các giải pháp phát triển kinh tế - xã hội cho tỉnh nhà Bình Định cũng như các tỉnh khác trong khu vực; tham gia viết giáo trình, bài giảng phục vụ công tác đào tạo. Một số giảng viên là chủ trì các đề tài cấp Nhà nước, cấp Bộ, cấp Tỉnh; nhiều báo cáo, công trình nghiên cứu chất lượng của giảng viên trong Khoa đã được đăng trên các tạp chí uy tín trong và ngoài nước, trong đó có những bài báo đăng trên các tạp chí thuộc danh mục ISI, Scopus . Bên cạnh đó, Khoa luôn chủ động triển khai có hiệu quả việc tăng cường liên kết trao đổi chuyên môn với các trường Đại học, Học viện hàng đầu trong nước để hoàn thiện chương trình đào tạo và bồi dưỡng đội ngũ giảng viên. Nhiều giảng viên của Khoa cũng chủ động hợp tác, đặt mối quan hệ với các cơ sở nghiên cứu – giáo dục ở ngoài nước như ở Pháp, Úc, Thái Lan, Đài Loan,…
Đào tạo nguồn nhân lực có trình độ cao luôn là mục tiêu chính của Khoa xuyên suốt các giai đoạn phát triển. Để thực hiện mục tiêu đó, Khoa luôn thực hiện đổi mới chương trình, tiếp cận với các chương trình tiên tiến và theo sát với nhu cầu thực tiễn của đất nước. Trong thời gian tới, Khoa sẽ tập trung các nguồn lực để phát triển Khoa trở thành đơn vị đào tạo và NCKH có uy tín trong lĩnh vực Kinh tế, Kế toán của khu vực và cả nước. Tích cực mở rộng hợp tác đào tạo, NCKH với các đơn vị uy tín trong nước và khai thác mọi nguồn lực để tăng cường hợp tác quốc tế.